組織編制:
本局下設縣立醫院及北竿、東引、東莒、西莒四個衛生所，置局長、秘書、會計主任、人事管理員、課長、技士、衛生稽查員、衛生教育指導員、課員。

職掌:
局長：承縣長之命，兼受上級衛生主管機關之指導、監督，綜理局務，並指揮監督所屬機關及員工。
保健課：婦幼衛生、癌症防治、中老年病防治、職業病防治、口腔衛生、視力保健、菸害防制、衛生教育、衛生所業務管理及其他有關事項。
醫政、藥政課：醫事機構及醫事人員管理、醫療品質管制、緊急醫療救護、精神衛生、長期照護、山地離島醫療保健、全民健康保險宣導、藥局、藥商、藥物、化妝品管理及其他醫政、藥政有關事項。
疾病管制課：傳染病防治、營業衛生管理、外籍勞工健康管理、公共衛生及其他有關事項。
食品衛生課：食品衛生、健康食品管理、國民營養、研考、為民服務、資訊文書、檔案、印信、庶務、出納、及其他有關食品、企劃、總務和不屬於各課事項。
會計主任：依法辦理歲計、會計及統計事項。
人事管理員：依法辦理人事管理業務。
　

住址 :馬祖南竿復興村216號

服務電話 （區域代號0836）
局長室：25231
中央健保局連江連絡處：22368
辦公室代表號：22095 FAX：25024

辦公室分機代碼：各課室分機及E-Mail7-20.gif (6523 個位元組)
醫政藥政課210
疾病管制課220
食品衛生課230
保    健    課310                                                                                                      會    計    室303
北竿衛生所：55592
東莒衛生所：89038
西莒衛生所：89122
東引衛生所：77206