民國四十五年元月成立「馬祖衛生院」，同年七月改為「連江縣衛生院」，以當時縣政府所在地南竿鄉復興村為院址，開辦公共衛生及醫療保健業務。 民國四十六年於南竿、北竿、莒光、東引各鄉設衛生所，各村設置保健員，皆免費為民服務。 民國四十九年農復會補助增建地下病室一棟。 民國五十三年農復會續補助擴建病房門診大樓一棟。 民國五十四年縣自籌經費擴建門診大樓一棟。 民國五十五年開始接種傷寒、霍亂、破傷風、牛痘等疫苗。 民國五十七年開始實施家庭計劃，推動節育運動，降低出生率。 民國六十年成立環境衛生促進組，執行環境衛生用藥之噴灑，病媒管制，飲用水井消毒等工作。 民國六十三年奉教育部核准比照台灣省偏遠地區醫事人員養成計畫，逐年保送績優高中畢業生就讀台北醫學院醫學系、牙醫學系，國中畢業生就讀藥劑、護理、醫技學校自民國七十年起陸續返鄉服務。實施小兒麻痺口服疫苗預防接種。 民國六十四年起實施血絲虫五年防治計畫，於六十八年結束實施。 民國六十五年起實施學童腸寄生虫檢查。 民國六十七年奉國防部核定，設衛生院附屬醫院，開始收費醫療作業。 民國七十七年十月院址遷至現址原陸軍醫院舊址。 民國八十二年七月一日改制成立連江縣衛生局，掌理衛生環保行政業務。 民國八十六年一月新建衛生局大樓落成啟用（在原址）。 民國九十二年一月一日環保局成立，本局掌理衛生行政業務。